“Портрет Людвига Левенштайна”, хранящийся в государственном музее в Берлине, считается одним из лучших портретов, созданных художником. Рационализм эпохи Возрождения, особенно сказавшийся в портретах Бальдунга часто сочетается в его творчестве с мистикой, обобщенная пластика с ломаной ритмикой. В картинах Бальдунга заметно влияние натуралистической верхнегерманской школы, но в выборе сюжета и в компоновке проявляется богатая творческая фантазия.
Самыми выдающимися из его работ считаются картины, находящиеся в Лихтентальском женском монастыре, написанные им в 1495-1496 годах, и главный алтарь Фрайбургского собора, оконченный в 1516 году; на средней части этого алтаря изображено “Венчание Девы Марии”; на боковых частях великолепно исполнено “Бегство в Египет”, считающимся его лучшим произведением. Долгое время Бальдунгу приписывалось авторство Изенгеймского алтаря, хранящегося в настоящее время в Кольмарском музее Унтерлинден. Настоящим автором алтаря является Маттиас Грюневальд.