Как и большинство фресок галереи Фарнезе, эта работа написана на сюжет, взятый из “Метаморфоз” Овидия. В противоположном конце галереи находится картина, парная к “Гневу Полифема”, где изображена предыстория данной сцены. Циклоп Полифем влюбился в морскую нимфу Га-латею и долго пытался завоевать ее сердце игрой на флейте. Но Галатея так и не полюбила одноглазого Полифема и предпочла ему юного пастуха Ациса.
Увидев их вместе, Полифем пришел в ярость и в припадке ревности убил юношу, швырнув в него огромный кусок скалы. Галатея долго печалилась о смерти Ациса, а затем превратила своего несчастного возлюбленного в речку. По всей видимости, Аннибале Карраччи в работе над “Гневом Полифема” следовал указаниям Леонардо да Винчи, писавшего, что “тот, кто хочет изобразить бросающего камень, должен повернуть его ноги в направлении выбранной цели, а его туловище – в противоположную сторону”.
Над “Гневом Полифема” расположена панель, где изображена еще одна сцена из Овидия – “Похищение Ганимеда” .