Гольбейн создал целый ряд величественных фресок в Базеле, Люцерне и Лондоне, но все они не дожили до наших дней. Невредимыми остались лишь небольшие фрагменты настенных росписей. Впрочем, сохранившиеся предварительные рисунки и уменьшенные копии позволяют получить достаточно адекватное представление о фресках Гольбейна.
Между 1517 и 1519 годами Гольбейн помогал своему отцу, принявшему заказ на оформление дома главы магистрата Люцерна. Вверху представлен один из предварительных рисунков этого оформления. В то время было модно расписывать не только внутренние, но и внешние стены домов, – на них, как хорошо видно по этому рисунку Гольбейна, изображали декоративные узоры или аллегорические сцены.
В Базеле Гольбейн расписал стены зала заседаний в ратуше, с помощью религиозных и аллегорических сюжетов проиллюстрировав идею правосудия. Самой знаменитой настенной росписью художника считалась фреска в лондонском дворце Уайтхолл – с изображением короля Генриха VIII и его семьи. К сожалению, она погибла в огне пожара в 1698 году.