Сюжет картины был подсказан Басину фреской с тем же названием из Геркуланума. Однажды, блуждая по полям Фригии, фавн Марсий нашел тростниковую флейту. Ее бросила богиня Афина, заметив, что игра на изобретенной ею самой флейте обезображивает ее божественно прекрасное лицо.
Афина прокляла свое изобретение, сказав, что тот, кто поднимет эту флейту, будет жестоко наказан.
Не зная о словах Афины, Марсий поднял флейту и вскоре научился так хорошо играть на ней, что все заслушивались этой незатейливой музыкой. Марсий возгордился и вызвал самого покровителя музыки Аполлона на состязание. Аполлон явился на вызов.
Марсий не смог извлечь из флейты такие дивные звуки, какие слетали с золотых струн кифары предводителя муз Аполлона – Аполлон победил.
Разгневанный дерзким вызовом, он велел повесить за руки несчастного Марсия и содрать с него кожу. Так поплатился Марсий за свою смелость. Кожу его повесили в гроте во Фригии и рассказывали потом, что она всегда начинала двигаться, словно танцевала, когда долетали до грота звуки фригийской тростниковой флейты, и оставалась неподвижной, когда раздавались величавые звуки кифары.